全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办研究，建议删去草案初审稿中“生产者生产在本乡(镇)行政区域内销售的食品，不需要获得食品生产的许可”的规定。
同时草案二次审议稿增加规定：食品生产加工小作坊和食品摊贩从事食品生产经营活动的具体管理办法，由省、自治区、直辖市人民代表大会常务委员会依照本法制定。
强调食品安全监管“权责一致”
草案初审稿规定，县级以上地方人民政府对本行政区域的食品安全监督管理负总责，统一领导、协调本行政区域的食品安全监督管理工作。
有些全国人大常委会委员及一些地方提出，目前负责食品安全分段监管的质量监督、工商和食品药品监管部门均实行省以下垂直管理，草案应当更好地体现“权责一致”的原则。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办研究，建议将草案此条款修改为：“县级以上地方人民政府统一组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作，建立健全食品安全监督管理协调机制；统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作；建立食品安全监督管理责任制，对食品安全监督管理部门进行评议、考核。”
同时草案二次审议稿增加两款规定：“县级以上地方卫生行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门在各自的职责范围内，负责本行政区域的食品安全监督管理工作。”“县级以上卫生行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应当依法行使职权，承担责任。”
在分组审议时,李传卿委员建议进一步明确地方政府负总责问题，在“县级以上地方人民政府”后面加上一句话：“对本行政区域的食品安全监督管理负总责”，同时对这一条的最后一句进行补充，建议在“食品安全监督管理部门进行评定、考核”之后加上一句话，“并会同其上级主管部门实行责任追究”。
不再规定实施监管码制度
草案初审稿规定,国家对食品、食品添加剂和食品相关产品实行监管码制度。具体实施办法和步骤由国务院有关部门制定。初审稿还在食品生产经营、监督管理和法律责任等章中作出了相应规定。
对法律是否应当规定这一制度，一些全国人大代表、专家学者、地方人大和企业提出，监管码技术并不复杂，容易仿冒，实践中查询率低，对产品防伪作用有限；而且目前企业已广泛采用条形码，再实施监管码，企业除需要支付入网有关费用外，还涉及增加员工、设备等问题，会增加生产成本；多数小型食品企业不具备入网能力，建议法律不作规定。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办和国家质量监督检验检疫总局沟通、协商，建议删去草案初审稿中有关条款对监管码的规定。
